有機肥發酵高溫時間堆穩升至45℃以上即進入高溫時間，在這一時間，嗜溫微生物遭到按捺乃至逝世，而嗜熱微生物則上升為主導微生物。有機肥造粒機在造粒前在堆肥中殘留的和新構成的可溶性有機物質持續被氧化分化，雜亂的有機物如半纖維素-纖維素和蛋白質也開端被激烈分化。

　　有機肥發酵的微生物活動替換呈現，通常在60℃的時分最激烈的是嗜熱性真菌和放線菌，溫度上升到70℃時真菌簡直徹底中止活動，僅有嗜熱性細菌和放線菌活動，溫度上升到80℃時大多數嗜熱性微生物已不再習慣，并大批進入休眠和逝世時間，現代化有機肥出產線對堆肥出產的最佳溫度通常為60℃,由于大多數微生物在該溫度范圍內最活潑，最易分化有機物，而病原菌和寄生蟲大多數可被殺死。從而分解出糞便里邊的有害物質，并保留有機肥原料里邊的有益菌種的存活，從而大大改良土壤作用。