微生物肥料采用固體發酵法和液體發酵法進行生產。微生物肥料的一般生產工藝為：菌種→種子擴培→發酵培養→后處理→包裝→產品質量檢驗→出廠。固體發酵法是利用農副產品如鼓皮、米糖、玉米芯、甘薯粉等作為營養物質，采取三級擴大培養，獲得大量菌種，經過產品后處理等工藝過程。其生產工藝流程：一、菌種培養基及斜面種子培養

用于生產微生物肥料的菌種，必須是從國家菌種中心或國家科研單位引進的并經過鑒定對動物和植物均無致病作用的非致病菌菌株；在生產之前，應對所用菌種進行檢查，確認其純度和應用性能沒有發生退化。出現污染或退化的菌種不能作為生產用菌種，原種是生產用菌種的母種，對原種的要求如下：有菌種鑒定報告；菌種的企業編號、來源等信息。由于微生物肥料的目的微生物不同，所用培養基有所不同，但培養基選用原則應含有滿足所培養的微生物生長必需的營養物質；各種營養物質要有合適的比例和濃度；有合適的pH范圍和一定的pH緩沖能力；有一定的氧化還原電位和合適的滲透壓。對于特殊用途的培養基，除遵循以上原則外，還應滿足以下要求：在選擇培養基中，應加入利于目的微生物生長而抑制其他微生物生長的化學物質，菌種經活化后接種于PDA試管斜面，于25～28℃培養，斜面菌種培養成熟后，應做質量檢查，看是否與正常菌種的菌絲特征相同，如老化菌種菌苔較薄、菌絲稀疏不宜用于生產。二、菌種擴大培養    菌種擴大培養有兩種方法，固體菌種擴大培養及液體菌種擴大培養。1、固體菌種擴大培養一般采用麩皮或麩皮和玉米粉、甘薯粉等，一定的料水比例，裝瓶或大試管，裝1/4～1/5量，高壓滅菌30min。冷卻后，取生長良好、無雜菌的斜面菌種，加入適量無菌水，制成菌絲懸液。接入固體培養基中，每支斜面（25mm×300mm)可接種20瓶左右，接種完畢，將菌料搖勻，使菌絲均勻分布。然后于25～28℃臥放培養4～5d。培養過程中，應經常逐瓶檢查，剔除老化或雜菌污染菌種。2、液體菌種擴大種子液常用麩皮或薯干液體培養（麩皮米糠或碎米5%和糖2%)等加水配制，淘米水培養基或馬鈴薯液體培養基。裝入500mL錐形瓶，裝量1/5瓶，高壓蒸汽滅菌（0.1MPa)30min。冷卻接入斜面菌種，一支菌種斜面可接500～800mL液體培養基，接種后于25～28℃搖床振蕩培養2～3d。根據微生物的是否需氧，選用合適培養設備。培養過程中要經常檢查，剔除老化或污染菌種。三、固體發酵固體發酵有曲盤加蓋發酵、大床發酵、塑料袋發酵、發酵池發酵、堆漚發酵、發酵罐發酵等多種方式。固體發酵又稱固態發酵，是指微生物在沒有或幾乎沒有游離水的固態培養基上的發酵過程。固態的濕培養基一般含水量在50%左右，而無游離水流出，此培養基通常是手握成團、落地即散，所以此發酵也可稱為半固體發酵。所用原料一般為經濟易得、富含營養物質的工農業生產中的副產品和廢產品，如麩皮、薯粉、大豆餅粉、高梁粉、玉米粉等。根據需要，有的還對原料進行粉碎蒸煮等預加工，有的還需加入尿素、硫酸銨及一些無機酸堿輔料等。厭氧固體發酵生產較簡易，一般采用窖池堆積壓緊密封進行。好氧菌的固體發酵可以將接種后的培養基攤開鋪在容器表面，靜置發酵，也可通氣和翻動，使之能迅速獲得氧和散去發酵產生的熱。這里主要介紹曲盤加蓋發酵，培養基配方：鼓皮30%,米糖30%,玉米芯30%,玉米粉10%或麩皮、米糠、玉米芯各1/3.配水量一般為1:(1.2～1.3),拌料后分袋裝料，高壓蒸汽滅菌（0.013MPa)30～40min,或間歇滅菌。滅菌的固體發酵培養基趁熱放入發酵室，先將料搓碎，冷卻至30℃左右接種，攪拌均勻，接種量30%左右。然后在曲盤中將料鋪平，上蓋塑料薄膜，將曲盤放在曲架上，以便凝結水能沿蓋滴到曲盤底上所填的紗布內。發酵培養分前、中、后三期，初始培養溫度以26℃為宜，經36h左右，培養基上會長出致密的菌絲，3～5d左右由于菌絲生長旺盛，品溫上升很快，必須注意及時降溫，控制品溫在28℃左右。否則影響菌體正常生長，易長雜菌。第6天，控制室溫25℃左右。發酵菌絲成片，料溫接近室溫。此時菌絲倒伏、發酵物收縮，即可出料。固體發酵初期適宜發酵的物料含水量為50%～60%,發酵結束時，應控制在20%～40%,鏡檢觀察菌體的形態、密度，要求芽孢菌發酵結束時芽孢形成率≥80%;監測發酵液中還原糖、總糖、氨基氮、pH值、溶解氧濃度、光密度及黏度等理化參數；監測發酵過程中攝氧率、CO₂產生率、呼吸滴、氧傳遞系數等發酵代謝特征參數：固體發酵中物料的顏色、形態、氣味、含水量等變化作為發酵終點判斷。對于發酵物直接分裝的產品劑型，可根據產品要求進行包裝。建立生產檔案，每批產品的生產、檢驗結果應記錄存檔，包括檢驗項目、檢驗結果、檢驗人、批準人、檢驗日期等信息。產品質量跟蹤，定期檢查產品質量，并對產品建立應用檔案，跟蹤產品的應用情況。